LFQ—细胞/组织定量质谱分析

LFQ—细胞/组织定量质谱分析

• 蛋白质是生命体的功能分子。借助基于质谱技术的蛋白质组学方案，高通量的分析不同细胞/组织中蛋白质表达谱的差异，从而筛选后续要深入聚焦研究的靶点蛋白。

• LFQ（Label-free Quantification）是基于质谱的“非标记（label-free）”相对定量技术，借助蛋白质的质谱强度 (LFQ Intensity) 结合统计分析，实现对不同组样本中每个蛋白质的相对定量分析，从而筛选差异表达的蛋白质分子。

• LFQ实验流程简单，包括：（1）蛋白质提取，（2）蛋白质酶解成肽段，（3）肽段质谱检测，（4）质谱数据检索及数据分析。

• 与SILAC、iTRAQ/TMT等标记定量技术相比，LFQ分析的样品数目不受限制。

• 此外，搭配高深度的4D质谱（如TIMS TOF 和 Orbitrap Astral）和成熟的LFQ分析软件和算法（如Maxquant、Fragpipe等），制备的肽段样品不进行馏分分离，直接单针进行检测，也能实现对4000-8000种蛋白质的鉴定/定量分析。

LFQ—差异蛋白质组表达谱分析服务DEMO数据

• 本项目分为2组细胞样本，每组4个生物学重复样品。

• 使用MG13：细胞/组织差异蛋白质组分析试剂盒，实现对（1）细胞蛋白质的提取，（2）提取蛋白质的Trypsin酶解，（3）酶解肽段除盐的整体流程。

• 肽段样品使用Orbitrap Astral质谱检测（DDA模式， 24min LC-MS测试时间/样品），实现了每个样品鉴定~5000种蛋白质的解析能力 (图A)。

• 通过LFQ intensity结合统计分析，筛选到了组间显著差异表达的蛋白质（图B， Up & Down）。

•